The Past Perfect Tense обозначает действие, которое произошло до какого-то момента в прошлом. 

Употребление: 

1. Когда есть указание момента времени, к которому закончилось действие в прошлом: 

By 9 o'clock we'd finished the work. 
К 9 часам мы закончили работу. 

She had written only two letters by noon. 
К полудню она написала только 2 письма. 

2. Когда действие в прошлом имело место ранее другого действия: 

When you arrived, he had just left. 
Когда вы прибыли, он только что уехал. 

He had worked at the university for thirty years before he retired. 
Он проработал в университете 30 лет, прежде чем ушёл на пенсию. 

3. В косвенной речи для передачи настоящего свершенного и простого прошедшего времени: 

He said he had studied English for two years. (He said: "I have studied English for two years.") 
Он сказал, что изучает английский язык два года. 

She said she had published her first story 10 years before. (She said: "I published my first story 10 years ago.") 
Она сказала, что опубликовала свой первый рассказ 10 лет тому назад. 

+ She had written a letter by 5 o'clock on Saturday. 
- She had not written a letter by 5 o'clock on Saturday. 
? Had he written a letter by 5 o'clock on Saturday? 
Yes, he had. No, he had not. (No, he hadn't.)